Existem duas maneiras de tratar a endometriose usadas em conjunto em determinados casos.
Na escolha do tratamento da endometriose deve-se levar em consideração seus problemas e o que se esperava obter com o tratamento.Os objetivos do tratamento da endometriose são melhorar a qualidade de vida por meio do alivio dos sintomas e melhorar sua fertilidade, caso deseje ter um filho.
O tratamento pode ser cirúrgico, normalmente através da videolaparoscopia ou o tratamento clínico, em que se utilizam alguns tipos de medicamentos.